本帖最後由 hank 於 2020-2-17 04:01 編輯
很高兴最近几篇关于武?肺炎病毒(2019-nCOV)是否和武?病毒所有关的科普文章，都提到了一个叫BatCoV RaTG13的冠状病毒，把大家的注意力集中到了这个很特别的病毒上来。
冠状病毒和它的S蛋白
那么这个神秘的（名字看起来太专业太费解的）病毒BatCoV RaTG13到底是什么呢？
这是武?病毒所于2020年1月27日左右发布的一个源自蝙蝠的冠状病毒，武?病毒所1月23号在BioRxiv发表了一篇文章 （这篇文章刚在NATURE正式发表）[1]，文中提到了该病毒采集自云南。而?本采集时间是2013年7月24日（如下图所示）。
那么这个BatCoV RaTG13病毒和此次武?肺炎冠状病毒(2019-nCOV)有什么关系呢？
这两个病毒同源性非常的高，通俗的说，就是非常非常相近。按照病毒所自己文章[1]的介绍，全基因序列相似度高达96.2%。而几篇科普文章里经常提到的一个S蛋白(spike glycoprotein), 两个病毒在这个蛋白的氨基酸序列上相似度（Per. Identity）高达97.4%！ 而其余迄今为止已经发现的冠状病毒，和这两个病毒相似度最高的，也只有80%左右。
那篇印度理工学院发表在BIORXIV里极有争议的文章[2]中，提到nCOV中和HIV病毒蛋白相似的四个片段，其中有三段（如下图蓝框所示）, 都能在这个BatCoV RaTG13病毒中找到100%一?的片段。所以这个BatCoV RaTG13病毒也被武?病毒所，以及很多其他人，用作例子驳斥印度理工学院的文章，因为既然2013年云南的蝙蝠?本就找到了这?自然存在的病毒蛋白，说nCOV是将HIV片段插入冠状病毒S蛋白的人造病毒就不成立了。
但是新的问题又来了。BatCoV RaTG13病毒从2013年取自云南以后一直保存在武?病毒所，而此次武?肺炎病毒又是在武?病人中首次被发现，并且在武?大范围爆发。两个病毒如此相似，不是印证了武?肺炎病毒有可能是从武?病毒所泄漏的猜测？
做科研一定不能直接做这?肯定的结论, 因为还有其他的可能性。
或者换个角度，让我们先预设两个条件：
1. は论是nCOV还是BatCoV RaTG13都肯定是从自然环境中来的，
2.武?肺炎病毒不是从武?病毒所泄漏的，武?病毒所的管理非常严格没有疏漏。
也就是说，BatCoV RaTG13病毒和2019-nCOV没有任何直接的关系，那么我们能做出那些推断呢？
一个病毒采集自2013年的云南，另一个病毒出现于2019年底的湖北，跨越了7年的时间和几个省的空间距离，而它们关键的S蛋白相似度依旧高达97.1%，这只能说明这一系病毒们的S蛋白非常保守，非常稳定。那么要证明武?肺炎病毒不是从武?病毒所泄漏出来的，其实也就没有那么难了，因为在中国的中南西南几省的蝙蝠或者其他野生中间宿主中，按理有很大机会找到至少S蛋白同?高度相似的冠状病毒。甚至从概率上说，这?的病毒早该有机会在吃野生动物遍地开花的地区浮出桌面。所以能否在野外环境中找到至少S蛋白是同?高度相似的冠状病毒，是解?这些争议很关键的一环。
这个工作，其实不只是为了证明武?肺炎病毒和武?病毒所的关系，更重要的是S蛋白对于冠状病毒的传染性至关重要，而拥有如此相似的S蛋白的冠状病毒们，如果真的な泛存在于中国中南西南几省的话，按照这次的武?肺炎的爆炸性传染，这些な泛存在的野生疫源，也就如同到处埋?的、随时可能被点燃的火药桶，所以这?的采?筛查研究本来也是迫在眉睫的。
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